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財務諸表監査によって財務諸表に記載する予定の数値等の誤りを指摘されたことが直ちに重要な欠陥に該当するものではなく、誤り（虚偽記載）を生じさせた内部統制上の不備の金額的・質的重要性を勘案して重要な欠点に該当するかどうかを判断することとなる。

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その際には、監査人から指摘された誤り等が、会社の内部統制によって防止・発見できなかったのかどうかという観点から検討する必要があるものと考えられる。

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財務諸表のドラフトについても、監査人から指摘された誤り等が、会社の内部統制によって防止・発見できなかったのかどうかという観点から検討する必要があるものと考えられる。

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財務諸表等のドラフトについては、会社がどのような位置づけで監査人に提出したかによっても重要な欠陥の判断は異なることが考えられる。すなわち、監査を受ける前提としてのドラフトなのか、監査人との協議を目的とするドラフトなのかによって異なることが考えられる。開示において高度な専門的判断を伴う場合に、後者のような協議を行うことは、従来の財務諸表監査の過程でも行われている実務であると考えられ、この場合、協議の過程で、重要な虚偽記載が発見されることがあっても、内部統制の重要な欠陥と判断する必要はないものと考えられる。

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決算短信が訂正されたことをもって直ちに重要な欠陥があることにはならず、決算短信公表後に、会社の内部統制が有効に機能したことによって発見された虚偽記載を訂正し、有価証券報告書が適正に開示されるのであれば、「重要な欠陥」に該当しないものと考えられる。

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監査人の行った残高確認において、回答額と帳簿価額残高に差異があった場合、会社が既にその原因を解明の上、差異の調整を実施し、適切な残高に修正している場合には、会社の内部統制は有効に機能していると判断できるものと考えられる。

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企業の状況に応じて重要な欠陥の金額的重要性の判断指標等を変更することは可能ではあるが、恣意的に変更することは適切でなく、特に、あらかじめ予定していた指標を年度途中で変更する場合には、監査人と十分協議し、変更にあたっての合理的な理由が必要であると考えられる。